教育部直属大学有：合肥工业大学、厦门大学山东大学、中国海洋大学、中国石油大学、武汉大学、华中科技大学、北京邮电大学、中国农业大学、北京林业大学、北京中医药大学。
合肥工业大学
合肥工业大学是中华人民共和国教育部直属的全国重点大学，由教育部、安徽省人民政府、工业和信息化部和国家国防科技工业局共建，是国家“双一流”建设高校，国家“工程”建设高校，国家“工程优势学科创新平台”建设高校。
学校创建于年，几易校名，年正式定名为合肥工业大学，年中共中央批准为全国重点大学，历经与安徽工学院、安徽水利电力学院合并重组，先后隶属高教部、机械工业部、机械电子工业部、教育部管辖。学校年成为国家“工程”重点建设高校，年成为国家“工程”优势学科创新平台建设高校，年进入国家“双一流”建设高校行列。
厦门大学山东大学
山东大学和厦门大学都是华东地区具有一定的影响力的原高校，现在是世界一流大学；两校在年软科大学排名也非常的接近；厦门大学排在了26名。两校都是以文理学科见长的高校；两校的工科的发展都稍微差一点，这也是老牌以文理见长的高校面临的转型难题；按照现在的社会发展趋势，未来的高校比拼的都是理工医学科了。
在科研平台的建设上，山大建有晶体材料“”和“微生物技术”国家重点实验室，“燃煤污染物减排”和“电子商务交易技术”国家工程实验室和3个国家科研中心，13个部委级重点实验室，厦大建有固体表面物理化学、近海海洋环境科学、细胞应激生物学、分子疫苗学与分子诊断学国家重点实验室。
中国海洋大学
中国海洋大学位于山东省青岛市，是一所海洋和水产学科特色显著、学科门类齐全的教育部直属重点综合性大学，是国家“工程”和“工程”重点建设的高校，年9月入选国家“世界一流大学建设高校”（A类）。
学校创建于年，历经私立青岛大学、国立青岛大学、国立山东大学、山东大学等办学时期，于年发展成为山东海洋学院，年被国家确定为全国13所重点综合性大学之一，年更名为青岛海洋大学，年更名为中国海洋大学。
中国石油大学
中国石油大学是教育部直属全国重点大学，国家首批世界一流学科建设高校，国家“工程”和“工程优势学科创新平台”重点建设高校，高水平行业特色大学优质资源共享联盟成员，入选国家“计划”、卓越工程师教育培养计划。
年11月由中央人民政府政务院批准建立北京石油学院。年10月，学校被确定为全国重点高校。年11月学校迁至山东东营，年1月更名为华东石油学院，年6月设立华东石油学院北京研究生部；年2月学校更名为石油大学。
武汉大学
武汉大学简称“武大”，是国家教育部直属重点综合性大学，“工程”和“工程”重点建设高校，首批“双一流”建设高校。
学校于年清末湖广总督张之洞奏请清政府创办的自强学堂，后历经方言学堂、武昌高等师范学校、国立武昌师范大学、国立武昌大学、国立第二中山大学等时期，年定名国立武汉大学，是近代中国第一批国立大学。
华中科技大学
华中科技大学简称华中大、华科大，英文缩写HUST，位于湖北省武汉市，是中华人民共和国教育部直属的综合性研究型全国重点大学、中央直管副部级高校，位列国家首批“双一流”、“工程”、“工程”。
学校前身是年创办的四大工学院之一的华中工学院、年建立的上海德文医学堂和年建立的湖北工艺学堂。历经传承与发展，年由原华中理工大学、同济医科大学、武汉城市建设学院合并成立。
北京邮电大学
北京邮电大学是教育部直属、工业和信息化部共建、首批进行“工程”建设的全国重点大学，是“优势学科创新平台”项目重点建设高校，是一所以信息科技为特色、工学门类为主体、工管文理协调发展的多科性、研究型大学，是我国信息科技人才的重要培养基地。
创建于年，原名北京邮电学院，是中华人民共和国第一所邮电高等学府，隶属原邮电部。年，被国务院确定为全国重点高校。年，更名为“北京邮电大学”。年，划入教育部直属高校行列。，成为全国56所设立研究生院的高校之一。
中国农业大学
中国农业大学简称“中国农大”（CAU），坐落于北京市，是中华人民共和国教育部直属，中华人民共和国水利部、中华人民共和国农业农村部和北京市共建的一所全国重点大学，位列“双一流”建设高校、“工程”、“工程”。
中国农业大学作为教育部直属高校，是我国现代农业高等教育的起源地，其历史起自于年成立的京师大学堂农科大学。年9月，由北京大学农学院、清华大学农学院和华北大学农学院合并为北京农业大学。年10月，北京农业大学农业机械系与中央农业部机耕化农业专科学校、华北农业机械专科学校。
北京林业大学
北京林业大学简称“北林”，是教育部直属、教育部与国家林业和草原局共建的全国重点大学，国家“双一流”建设高校，是国家首批“工程”重点建设高校和国家“优势学科创新平台”建设项目试点高校。与地方政府、企事业单位签署战略合作协议80余项，全面助力地方生态建设和绿色发展。
学校办学历史可追溯至年的京师大学堂农业科林学目。年全国高校院系调整，北京农业大学森林系与河北农学院森林系合并，成立北京林学院。年，北京农业大学造园系和清华大学建筑系部分并入学校。年被列为全国重点高等院校，年成为首批具有博士、硕士学位授予权的高校。
北京中医药大学
北京中医药大学简称“北中医”，是中华人民共和国教育部直属的一所以中医药学科为特色的全国重点大学，由教育部、国家卫生健康委员会、国家中医药管理局、北京市共同建设，是国家首批世界一流学科建设高校。
学校始建于年，前身为北京中医学院，是国务院批准最早创办的高等中医药院校。年，学校被中央确定为全国重点高校；年，学校与中国中医研究院合并；年，两院分开，分别恢复独立办学；年，学校更名为北京中医药大学；年，入选国家“工程”重点建设大学。
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